實驗室建設重在設計。一體化設計，突出整體，兼顧特殊。應做到意識超前，功能實用，以滿足當前和今后相當長一段時間的工作為條件，具有一定的可擴展性，特別是在水、電、通風等的負荷方面應有超前的考慮。實驗室設計不同于普通建筑物的設計，實驗室使用者也應做設計師，和建筑物設計師一道完成實驗室的設計工作，但首先要考慮設計的通用性，然后才是特殊要求。實驗室使用者在提出設計要求時，應避免各自為政，應在實驗室整體設計思路的指導下作細微的調整，以避免實驗室內部調整時無所適用的局面。
農產品檢測實驗室可設置如下幾個部分：業務收樣室、樣品貯藏室、樣品處理室、試劑貯藏室、樣品檢測前處理室、儀器分析室、稱量室、烘干室、標準溶液配制室、感官分析室、品質分析室、微生物檢測室、轉基因成分檢測室、食品毒理分析室等。
通風系統要求
良好的實驗室通風是實驗室建設工作中的重中之重，通風的好壞直接關系到實驗人員的身心健康，關系到儀器設備的使用效率和周圍環境的污染狀況。實驗室通風要做到排風徹底，有機、無機分離。農產品檢測實驗室因使用有毒化學物品較多而對通風要求更高。實驗室通風主要是排風要求，實驗室應有足夠的排風設施，并且有機蒸發和無機消化的排風設施要分開，避免在排風過程中易燃易爆有機試劑與強氧化性無機試劑混合發生爆炸。同時，有機、無機排風管道應使用不同的材料，以減少試劑腐蝕，增加使用壽命。
排風管道的設計應盡量縮短，減少死角，每個排風設施的上方應加裝止回閥，防止試劑冷凝回流造成二次污染以及排風設施之間的氣體流竄。排風管道因排風量和噪聲控制的要求應盡量加大，特別是主管道。實驗室內排風設施的面風速設計時應不小于0.5m/s，最大可到0.8m/s～1.0m/s。有條件的地方在排風口應添加環保設備，以使實驗室排出的有毒有害氣體滿足環保要求
除此之外還有：消防噴淋和給水，潔凈區域，氣路，環境條件，門禁，人員防護系統，都需要合理分工，科學安排
