ABI 3730XL測序儀
Illumina hiseq-2000測序儀
PacBio RSI 測序儀
儀器價格：一代更比一代高
在采訪中了解到，用戶A所使用的ABI 3730XL測序儀購于2010年，當時購買的價格是100萬元人民幣左右，這是一款第一代測序儀，其基于毛細管電泳和熒光標記技術進行測序。
用戶B使用的第二代測序儀Illumina hiseq-2000于2011年購買，價格約為75萬美元，其采用可逆終止法的邊合成邊測序技術。
用戶C使用的PacBio RS I測序儀是一款第三代測序儀，其利用DNA單分子的直接測序的原理進行測序。該儀器于2012年購進，當時購買價格約為100萬美元。
用戶開機率：普遍較高
A用戶來自測序公司，每天都收到來自其他單位的測序樣本，因此使用頻率非常高，幾乎每天都開機，
B用戶來自科研機構，該儀器作為平臺儀器，為單位所在的整個科研系統服務，兩年中都是滿負荷使用。
C用戶來自高校，儀器主要為高校內部系統提供服務，1年中使用頻率較高。
測序速率，讀長，通量都可以滿足需求
相比之下，ABI 3730XL測序儀的測序速度在第一代基因測序儀中是最高的。但是，由于其依賴于電泳分離技術，所以速率方面難以進一步升級，96樣本的測序運行時間約為1小時40分鐘。每天的數據通量可以達到600000bp，主要適合于基因測序和基因分型研究。
Illumina hiseq-2000測序儀作為第二代測序儀，測序速率大大提升，每天最高可以產生75Gb的數據?？梢詫崿FDe Novo從頭測序，DNA重測序等各種測序目標。
PacBio RSI的測序速度可以達到每分鐘60個堿基，從樣品制備到獲得堿基序列的全部流程可在1天內完成。每天可獲得的數據是200Mb mappable data。能夠完成各種測序目標。
讀長方面，ABI 3730XL的準確讀長可以達到800bp。Illumina hiseq-2000測序儀讀長可以達到2×100bp。PacBio RSI目前可以獲得1300bp的平均讀長。
前處理環節：第三代測序儀優勢明顯
用戶表示，ABI 3730XL和Illumina hiseq-2000雖然與同類儀器相比建庫準備實驗相對方便，但仍需花費較長時間和大量人力。但作為第三代測序平臺的PacBio RSI測序儀，利用DNA單分子的直接測序的原理，無需進行文庫制備，可直接從DNA片段獲得測序數據，從樣本制備到獲得測序結果，所需的時間還不到一天。并且與傳統標準方法相比，所需的DNA量也相當少，用量可低至不到500ng。
收費售后服務：用戶滿意度高
Illumina、Life technologies的售后服務獲得了用戶的一致認可，用戶認為，其服務“響應速度快，專業性高，解決問題十分徹底”。
基因測序儀的產品生產商相對較少，過了免費的質保服務期之后，用戶需要承擔高額的售后服務費用，但幾名用戶對此并未產生不滿，ABI 3730XL的用戶表示，“我們認為一年10萬元的售后費用物有所值?！?/FONT>
改進意見：配套試劑耗材應降價
盡管ABI 3730XL在速度和成本方面都已達到了極限，但與二三代測序儀相比，其通量較低，成本較高，并且由于其對電泳分離技術的依賴，速度成本難以進一步提升。盡管如此，ABI 3730XL用戶認為，ABI 3730XL方法可靠，并且已形成規模化，將繼續發揮重要作用。
使用Illumina hiseq-2000的用戶認為，該儀器的配套試劑價格過高，另外讀長還有待增加，并且希望建庫準備實驗可以實現自動化。
PacBio，RSI的用戶表示，這臺儀器的不足之處主要在于試劑耗材價格過高，通量還有待提高。另外，PacBio RSI系統可購買升級包，將原有系統轉化成最新的PacBio RSII，但是，升級耗資巨大也是令用戶頭痛的問題。
附：基因測序儀簡介
DNA測序技術是現代生物學研究中重要的研究手段之一。成熟的DNA測序技術始于20世紀70年代中期。1977年，Maxam和Gilbert報道了通過化學降解測定DNA序列的方法。同一時期，Sanger發明了雙脫氧鏈終止法。20世紀90年代，熒光自動測序技術將DNA測序帶入自動化測序時代。目前，基因測序儀已發展到第三代，Illumina、Life technologies(ABI)等公司共同占據著全球基因測序儀市場。
