早在20世紀初，俄國著名植物化學家次維特提出色譜概念以后，直到1975年，美國Dow化學公司的H.Small等人才首先提出了離子交換分離、抑制電導檢測分析思維，即提出了離子色譜這一概念。色譜技術經歷了半個多世紀的發展，才發展到離子色譜的階段。這一概念的提出，便立即被商品化、產業化。由Dow公司組建的Dionex公司最早生產離子色譜并申請了專利。我國也從20世紀80年代才開始引進離子色譜儀器。
　　
　　離子色譜按照分離原理分類，可以分3種不同類型，分別是離子交換色譜、離子對色譜和離子排斥色譜。.
　　
　　其中離子色譜分離，主要是應用離子交換的原理，采用低交換容量的離子交換樹脂來分離離子，它在離子色譜中應用最廣泛，其主要填料類型為有機離子交換樹脂。
　　
　　離子對色譜的固定相為疏水型的中性填料，用于陰離子分離的對離子是烷基胺類，如氫氧化四丁基銨、氫氧化十六烷基三甲烷等。用于陽離子分離的對離子是烷基磺酸類，如己烷磺酸鈉、庚烷磺酸鈉等。
　　
　　離子排斥色譜，主要根據Donnon膜排斥效應：電離組分受排斥不被保存，而弱酸則有一定保存的原理制成。離子排斥色譜主要用于分離有機酸以及無機含氧酸根，如硼酸根、碳酸根和硫酸根、有機酸等。　　目前，離子色譜的應用有：無機陰離子的檢測；無機陽離子的檢測和有機陰離子和陽離子分析，主要包括生物胺，有機酸和糖類分析。
　　
　　具體在實驗中，用戶應該結合實際選擇合適的分離方式，例如水合能高和疏水性弱的離子，如Cl-或K，最好用HPIC分離。水合能低和疏水性強的離子，如高氯酸(ClO4-)或四丁基銨，最好用親水性強的離子交換分離柱或MPIC分離。有一定疏水性也有明顯水合能的pKa值在1與7之間的離子，如乙酸鹽或丙酸鹽，最好用HPICE分離。有些離子，既可用陰離子交換分離，也可用陽離子交換分離，如氨基酸，生物堿和過渡金屬等。
　　
　　隨著不斷的實驗與改進，離子色譜也在不斷發展，無論是在檢測方法，還是色譜柱方面，相信離子色譜在今后的應用會越來越廣泛。