《意見》從完善機構運行管理機制，優化科研管理機制，改革相關人事管理方式，完善績效工資分配方式，確保政策落實見效等方面提出了擴大高校和科研院所科研相關自主權的20條具體措施。 

　　針對改進科研儀器設備耗材采購管理，《方案》強調，要簡化采購流程，縮短采購周期，對獨家代理或生產的儀器設備，高校和科研院所可按有關規定和程序采取更靈活便利的采購方式。對科研急需的設備和耗材，采用特事特辦、隨到隨辦的采購機制，可不再走招投標程序。各單位要建立完善的科研設備耗材采購管理制度，對確需采用特事特辦、隨到隨辦方式的采購作出明確規定，確保放而不亂。 

　　此外，《意見》還要求，完善科研經費管理機制。改革間接經費預算編制和支付方式，不再由項目負責人編制預算，由項目管理部門（單位）直接核定并辦理資金支付手續，資金直接支付給承擔單位。加快推進基于績效、誠信和能力的科研管理改革試點，及時總結推廣科研項目資金管理等試點經驗和做法。落實橫向經費使用自主權，單位依法依規制定的橫向經費管理辦法可作為審計檢查依據。允許項目承擔單位對國內差旅費中的伙食補助費、市內交通費和難以取得發票的住宿費實行包干制。科技、教育部門適時選擇部分高校和科研院所探索開展國內差旅費報銷改革試點。