研究院是由上海市人民政府和復旦大學共同建設的獨立法人事業單位，依托復旦大學上海醫學院進行系統化建設，實行理事會領導下的院長負責制。旨在發揮復旦大學整體優勢，整合上海優勢研究力量和資源，匯聚全球菁英，面向建設上海超大型城市公共衛生安全體系的核心要求，聚焦上海和國家重大傳染病與生物安全領域重大問題，構建“全鏈式”技術共享平臺，為上海和全國公共衛生安全體系建設提供人才儲備、技術支撐和政策建議。

近期，研究院將邊建邊研，主要核心骨干已投入到上海市新冠疫情防控和科技重點研究中，并充分發揮智庫作用，為上海疫情防控工作取得階段性成果貢獻智慧。下一階段，研究院還將探索創新體制機制，有效整合上海全市優勢科研力量，全鏈謀劃從發現、預警、檢測、診治、預防的“重大突發傳染病關鍵核心技術攻關及防控體系”。