作為此計劃的一部分，將AB Sciex的SWATH™ 蛋白質組學云工具將托管在Illumina的BaseSpace應用商店中。這種伙伴關系將使BaseSpace成為基因組學和蛋白質組學“大數據”的一站式中心。
傳統的“鳥槍法”蛋白質組學在測定不完整的蛋白質時難以重復，而AB SCIEX的SWATH™蛋白質組學軟件解決了這種“數據丟失問題”，首次使許多樣品的蛋白質組學重復研究變得可行，并通過集成Illumina的新一代基因測序技術得到進一步增強。
SWATH™蛋白質組學軟件是一種專利創新技術，采用非數據依賴的采集方法，能夠系統地生成完全的、高特異性的碎片離子全貌圖，通過使用目標數據分析法可以查詢任何感興趣的蛋白質是否存在，并對其定量。
AB Sciex公司總裁Rainer Blair表示：“SWATH™軟件幾乎不需要方法開發，就能夠一次查看成千上萬個蛋白質。基于云端應用程序后，客戶數據處理速度將提高50倍。OneOmics™項目將使組學研究獲得更好的成果。我們已經開發了四個SWATH app支持質譜數據的處理、分析和查看。”
這四個應用程序分別為：
• Protein Expression Extracto-處理原始質譜數據
• Protein Expression Assembler-蛋白質折疊變化分析
• Protein Expression Browser-在生物學背景下查看結果
• Protein Expression Analytics-數據質量審核
近年來，NGP和NGS都在不斷產生大量的數據。AB Sciex與Illumina這種伙伴關系能夠幫助安全存儲、檢索和管理大型的復雜數據集，并在生物學背景下查看它們，解決了生物醫學研究中的一個瓶頸。
對此，Illumina企業發展高級副總裁兼企業信息總經理Nicholas Naclerio說到：“這些新的蛋白質組學工具為BaseSpace增加了系統生物學能力，創建了一個易于使用的云計算環境，實現了快速數據分析。現在，BaseSpace讓希望從系統水平了解生物學的任何人都能應用信息學。”
