作為國家地方聯合工程實驗室的依托單位，黑龍江水產研究所在淡水魚類育種領域一直處于國內領先地位。該所以黑龍江省為研發基地，開創了我國冷水性魚類研究領域，解決了冷水魚產業發展中的一系列關鍵技術問題，利用傳統育種和分子生物技術相結合的方式，成功培育出適合我國北方地區養殖的松浦鏡鯉、松浦銀鯽、荷包紅鯉等淡水魚類優良新品種，其中7個選育和4個引進品種被全國水產良種審定委員會認定為良種，約占全國水產養殖良種的26%，良種養殖面積覆蓋北方可利用水面的60%，極大地推動了我國淡水水產養殖業的快速發展。