ABI Prism® 3100遺傳分析儀以單束氬離子光照射在并排放置的16根毛細管上，毛細管的內外徑及斜度都經過優化以減少因折射而產生的信號丟失。3100系統以雙面照射的方式進一步提高信號的特異性。從毛細管中發出的熒光經光柵分光后，被CCD攝像機接收形成低雜波全光譜的數據。

*自動化程度高
3100提供連續、無需監控的操作，自動灌膠、上樣、電泳分離、檢測及數據分析，可連續運行24小時無需人工干預。

*樣品分析量大
一束毛細管可同時對16個樣品進行全自動分析，一天可完成數百個樣品的測序或片段分析工作。

*先進的熒光檢測系統
采用光柵分光，CCD攝像機成像技術，實現多色熒光同時檢測，與傳統的濾鏡及光電倍增管的檢測方式相比，光柵及CCD的優勢在于更新熒光化學時無需更換任何硬件設備。
從激光光源發出的光線被光學元件分成兩股，16根毛細管被一束激光同時從兩面照射，有效提高熒光檢測靈敏度和均一性。

ABI Prism® 3100遺傳分析儀能夠完成新基因測序或比較測序工作。此外，可進行多種片段分析，包括微衛星DNA分析、比較基因型分析、單核苷酸多態性（SNP）研究。
*多色熒光同時檢測