食藥總局三定方案整合了原衛生部、國家質檢總局部分職責，針對食品安全設置了三個監管司，其中一司、二司分別負責生產環節和消費環節的相關問題。

　　中國食品科學技術學會副理事長、中國農業大學食品科學與營養工程學院院長羅云波指出，食品安全監管三司的職責描述不夠準確，看似跟食品安全監管評估中心的職能重疊，事實上，開展食品安全風險監測是國家食品安全風險評估中心的職責，而不應該是行政管理部門的職責。

　　此前有地方質監人士認為檢驗檢測機構涉及人員龐大，改革難以推進，羅云波就認為這主要看各省的推進力度，不排除有些檢測機構會推出社會成為第三方法人。

　　食藥總局三定方案還提出，“整合國家質量監督檢驗檢疫總局、原國家食品藥品監督管理局所屬食品安全檢驗檢測機構，推進管辦分離，實現資源共享，建立法人治理結構，形成統一的食品安全檢驗檢測技術支撐體系。”

　　羅云波指，這意味著檢驗檢測體系“去部門化”，將來還將成為第三方獨立法人，“過去食品檢測機構隸屬于不同部委，現在都被食藥總局收編，將來還將成為第三方獨立法人。”