安捷倫科技生物信息學(xué)套裝新增整合生物學(xué)分析功能
GeneSpring 現(xiàn)可實現(xiàn)通路水平的多組學(xué)及新一代測序數(shù)據(jù)分析
近日，加利福尼亞州圣克拉拉市——安捷倫科技公司（紐約證交所：A）今日發(fā)布了其廣受歡迎的生物信息學(xué)軟件的重要擴展版本 GeneSpring 12.0，該軟件的推出使醫(yī)學(xué)研究水平達到一個新的高度。使用新版 GeneSpring，用戶可以在熟悉的軟件環(huán)境中分析新一代測序數(shù)據(jù)，并可以在通路水平進行跨多組學(xué)平臺數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析。
這些新功能是在GeneSpring 之前已有的轉(zhuǎn)錄組學(xué)、基因組學(xué)、代謝組學(xué)和蛋白組學(xué)的數(shù)據(jù)分析模塊上的進一步擴展。
安捷倫副總裁生物系統(tǒng)事業(yè)部總經(jīng)理 Gustavo Salem 談到：“隨著GeneSpring 12.0 的發(fā)布，安捷倫再次實現(xiàn)了一直以來的承諾，提供先進的儀器和功能強大的軟件，幫助系統(tǒng)生物學(xué)研究人員取得研究成果。GeneSpring 生物信息學(xué)軟件套裝集復(fù)雜分析、可視化和數(shù)據(jù)管理于一體，讓新一代整合生物學(xué)研究成為現(xiàn)實。”
從現(xiàn)在起到 8 月 17 日截止，所有客戶均可免費測試集成了新型通路構(gòu)建模塊（Pathway Architect module）的 GeneSpring 12.0 。
GeneSpring 12.0還包含可以用于新一代測序數(shù)據(jù)分析的 NGS 模塊。NGS 模塊經(jīng)過設(shè)計和測試，可與安捷倫 SureSelect 靶向序列捕獲平臺聯(lián)用，也可用于不采用靶向序列捕獲的新一代測序?qū)嶒灐Ｙ|(zhì)量控制（QC）管理工具是 NGS 模塊的一個重要組成部分，為研究人員提供了針對靶向序列捕獲結(jié)果圖形化、測序堿基質(zhì)量、序列比對以及拼接等環(huán)節(jié)質(zhì)量控制的工具。GeneSpring NGS 模塊中的 DNA-SEQ 工作流程，包括可以用于已知和未知變體鑒定和特征圖譜分析、SNP標注、SNP 效應(yīng)預(yù)測、結(jié)構(gòu)變異檢測的工具。RNA-SEQ 工作流程，則支持在絕對和相對空間進行 mRNA 特征圖譜分析，可以實現(xiàn)基因和剪切變異體的檢測和差異表達分析。該工作流程包括用于新基因和外顯子檢測、基因融合分析以及復(fù)雜的統(tǒng)計和通路分析的工具。
安捷倫的全新生物信息學(xué)軟件GeneSpring 12.0，能夠幫助對新一代測序生物信息學(xué)沒有經(jīng)驗的的生物學(xué)家，通過工作流程向?qū)лp松實現(xiàn)測序數(shù)據(jù)的管理和分析。生物信息學(xué)中心也可以使用該軟件，簡化數(shù)據(jù)的分組、分類和研究過程。GeneSpring 12.0 還可以結(jié)合安捷倫免費的 eArray portal 使用，用戶通過簡便易用的界面就可以完成定制實驗。
整合來自不同組學(xué)技術(shù)的數(shù)據(jù)是系統(tǒng)生物學(xué)研究的重要組成部分，涉及在相同或非常相近的生物樣品中檢測不同生物學(xué)組分的豐度。研究人員可使用 GeneSpring 通路構(gòu)建模塊對幾乎所有的生物學(xué)組分進行通路水平的聯(lián)合分析。這些生物學(xué)組分包括轉(zhuǎn)錄本、剪切變異體、變異分析得出的受影響基因組合、代謝物以及蛋白質(zhì)。
GeneSpring 通路構(gòu)建模塊，能夠幫助科學(xué)家觀察和分析人工注釋的通路內(nèi)容。該功能通過WikiPathways公眾數(shù)據(jù)庫，來完善建立、注釋和查詢生物通路方面的信息。用戶還可以通過連接另一個公眾數(shù)據(jù)庫 BridgeDB ，實現(xiàn)在多個公開和專有注釋數(shù)據(jù)庫中進行生物標記物的比對分析。任何單組學(xué)實驗的原始數(shù)據(jù)都可以合并到多組學(xué)實驗當中，通過聯(lián)合分析，找出在許多生物學(xué)過程中均涉及的具備顯著統(tǒng)計學(xué)意義的通路，例如信號傳導(dǎo)、疾病惡化或毒性等。
GeneSpring 12.0 的定制化功能現(xiàn)已支持 Jython 和 R 編程語言。通過嵌入式腳本編輯器，生物信息學(xué)科學(xué)家可在 GeneSpring 12.0 的編程框架中編寫、執(zhí)行和保存自己的算法和工作流程。
GeneSpring 12.0 由安捷倫與 Strand Scientific Intelligence 公司聯(lián)合研發(fā)，基于 Strand 的 Avadis技術(shù)平臺，該平臺專門為科學(xué)家簡化和應(yīng)對復(fù)雜的生命科學(xué)挑戰(zhàn)而設(shè)計。
要了解更多有關(guān) GeneSpring 12.0 的信息，包括要參加一系列的免費在線研討會，請訪問 www.genespring.com.cn。
GeneSpring 現(xiàn)可實現(xiàn)通路水平的多組學(xué)及新一代測序數(shù)據(jù)分析
近日，加利福尼亞州圣克拉拉市——安捷倫科技公司（紐約證交所：A）今日發(fā)布了其廣受歡迎的生物信息學(xué)軟件的重要擴展版本 GeneSpring 12.0，該軟件的推出使醫(yī)學(xué)研究水平達到一個新的高度。使用新版 GeneSpring，用戶可以在熟悉的軟件環(huán)境中分析新一代測序數(shù)據(jù)，并可以在通路水平進行跨多組學(xué)平臺數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析。
這些新功能是在GeneSpring 之前已有的轉(zhuǎn)錄組學(xué)、基因組學(xué)、代謝組學(xué)和蛋白組學(xué)的數(shù)據(jù)分析模塊上的進一步擴展。
安捷倫副總裁生物系統(tǒng)事業(yè)部總經(jīng)理 Gustavo Salem 談到：“隨著GeneSpring 12.0 的發(fā)布，安捷倫再次實現(xiàn)了一直以來的承諾，提供先進的儀器和功能強大的軟件，幫助系統(tǒng)生物學(xué)研究人員取得研究成果。GeneSpring 生物信息學(xué)軟件套裝集復(fù)雜分析、可視化和數(shù)據(jù)管理于一體，讓新一代整合生物學(xué)研究成為現(xiàn)實。”
從現(xiàn)在起到 8 月 17 日截止，所有客戶均可免費測試集成了新型通路構(gòu)建模塊（Pathway Architect module）的 GeneSpring 12.0 。
GeneSpring 12.0還包含可以用于新一代測序數(shù)據(jù)分析的 NGS 模塊。NGS 模塊經(jīng)過設(shè)計和測試，可與安捷倫 SureSelect 靶向序列捕獲平臺聯(lián)用，也可用于不采用靶向序列捕獲的新一代測序?qū)嶒灐Ｙ|(zhì)量控制（QC）管理工具是 NGS 模塊的一個重要組成部分，為研究人員提供了針對靶向序列捕獲結(jié)果圖形化、測序堿基質(zhì)量、序列比對以及拼接等環(huán)節(jié)質(zhì)量控制的工具。GeneSpring NGS 模塊中的 DNA-SEQ 工作流程，包括可以用于已知和未知變體鑒定和特征圖譜分析、SNP標注、SNP 效應(yīng)預(yù)測、結(jié)構(gòu)變異檢測的工具。RNA-SEQ 工作流程，則支持在絕對和相對空間進行 mRNA 特征圖譜分析，可以實現(xiàn)基因和剪切變異體的檢測和差異表達分析。該工作流程包括用于新基因和外顯子檢測、基因融合分析以及復(fù)雜的統(tǒng)計和通路分析的工具。
安捷倫的全新生物信息學(xué)軟件GeneSpring 12.0，能夠幫助對新一代測序生物信息學(xué)沒有經(jīng)驗的的生物學(xué)家，通過工作流程向?qū)лp松實現(xiàn)測序數(shù)據(jù)的管理和分析。生物信息學(xué)中心也可以使用該軟件，簡化數(shù)據(jù)的分組、分類和研究過程。GeneSpring 12.0 還可以結(jié)合安捷倫免費的 eArray portal 使用，用戶通過簡便易用的界面就可以完成定制實驗。
整合來自不同組學(xué)技術(shù)的數(shù)據(jù)是系統(tǒng)生物學(xué)研究的重要組成部分，涉及在相同或非常相近的生物樣品中檢測不同生物學(xué)組分的豐度。研究人員可使用 GeneSpring 通路構(gòu)建模塊對幾乎所有的生物學(xué)組分進行通路水平的聯(lián)合分析。這些生物學(xué)組分包括轉(zhuǎn)錄本、剪切變異體、變異分析得出的受影響基因組合、代謝物以及蛋白質(zhì)。
GeneSpring 通路構(gòu)建模塊，能夠幫助科學(xué)家觀察和分析人工注釋的通路內(nèi)容。該功能通過WikiPathways公眾數(shù)據(jù)庫，來完善建立、注釋和查詢生物通路方面的信息。用戶還可以通過連接另一個公眾數(shù)據(jù)庫 BridgeDB ，實現(xiàn)在多個公開和專有注釋數(shù)據(jù)庫中進行生物標記物的比對分析。任何單組學(xué)實驗的原始數(shù)據(jù)都可以合并到多組學(xué)實驗當中，通過聯(lián)合分析，找出在許多生物學(xué)過程中均涉及的具備顯著統(tǒng)計學(xué)意義的通路，例如信號傳導(dǎo)、疾病惡化或毒性等。
GeneSpring 12.0 的定制化功能現(xiàn)已支持 Jython 和 R 編程語言。通過嵌入式腳本編輯器，生物信息學(xué)科學(xué)家可在 GeneSpring 12.0 的編程框架中編寫、執(zhí)行和保存自己的算法和工作流程。
GeneSpring 12.0 由安捷倫與 Strand Scientific Intelligence 公司聯(lián)合研發(fā)，基于 Strand 的 Avadis技術(shù)平臺，該平臺專門為科學(xué)家簡化和應(yīng)對復(fù)雜的生命科學(xué)挑戰(zhàn)而設(shè)計。
要了解更多有關(guān) GeneSpring 12.0 的信息，包括要參加一系列的免費在線研討會，請訪問 www.genespring.com.cn。
