Proteome Discoverer軟件擁有如下功能和特性：
符合行業標準的數據庫搜索軟件SEQUEST和Mascot （可選）用于準確和全面的對蛋白質鑒定和肽質量指紋圖譜鑒定。
Z·Core數據庫搜索算法快速、簡便檢索電子轉移解離裂解數據
SRF文件輸入向導可以與之前的BioWorks™平臺進行無縫連接
能方便的將多搜索引擎和裂解技術（碰撞誘導裂解, 高能C阱裂解, 電子轉移解離裂解）結果合并為單一報告
對同位素標記的肽進行相對定量
通過計算假陽性率對每一次搜索的蛋白ID進行驗證
通過簡單向導分析和個性化工作流程對原始譜圖的多級質譜數據分析和蛋白釋義
支持由國際人類蛋白質組的蛋白質組學標準計劃開發數據標準
對鑒定到的蛋白提供生物學信息解釋
Proteome Discoverer包括多個數據庫搜索引擎，可對賽默飛世爾科技線性離子阱系列質譜儀提供的不同的解離技術進行分析，如碰撞誘導解離裂解，電子轉移解離裂解以及高能C阱裂解技術。Proteome Discoverer使用戶充分利用質譜高質量準確度和高分辨率的數據，而且不同的解離技術提供了互補的檢測結果，并提高了蛋白的覆蓋率和鑒定到的蛋白數目。
Proteome Discoverer軟件中的肽一致頁面(Peptide Consensus View)可以方便的對合并碰撞誘導裂解和電子轉移解離裂解的碎片離子的檢索結果進行解釋，提高了肽段的覆蓋率。還可以方便的對多個復雜數據進行處理，先進可視化工具能夠方便的對數據進行解釋和結果共享。
Proteome Discoverer的工作流程編輯器中可允許用戶選擇搜索算法，解離方法，結果過濾和定量方法，建立一個個性化的工作流程，甚至還可以將結果統一在單一的易閱讀的報告中。此外，肽質量指紋圖譜工作流程可以對高準確度的MALDI數據進行分析
新型數據庫搜索算法Z·Core特別考慮到電子轉移解離裂解譜圖的特殊性。它包括了數據的預處理步驟，根據電子轉移解離裂解譜圖的性質，通過單位分辨率測量得到前體離子的價態。Z·Core提高了電子轉移解離裂解數據分析的通量，最大化了數據庫搜索的效率。提高了后續結果鑒定的可信度，減少了電子轉移解離裂解數據解釋的時間。
Proteome Discoverer可以進行多種相對定量的方法，包括常見的元素質量標記如串聯質量標簽（TMT），在一張圖內進行肽鑒定和相對量的比值。還可以個性化過濾用特異性肽段得到精準的相對蛋白含量，對實驗誤差的肽濃度進行校正。
Proteome Discoverer還可以對液相色譜串聯質譜的數據進行解釋。InforSense 平臺對每一個鑒定到的蛋白自動從公共數據庫下載得到相關信息，包括GO分類注釋，翻譯后修飾位點以及相關參考文獻。提供蛋白的特異生物信息和翻譯后修飾可用來幫助設計補充實驗和有目標性的后續實驗。
此外，由公共數據庫得到的信息鑒定結果可方便的導入Excel中，數據可以進一步驗證已知或預測的翻譯后修飾，并得到每一個蛋白的描述信息。
液相色譜串聯質譜數據的采集現在可以結合創新數據詢問策略，把建立包含和排除列表直接導入到xcalibur儀器方法，通過反復實驗專門尋找低豐度樣品組分。
SEQUEST是華盛頓大學的注冊商標，Mascot是Matrix科學有限公司的商標。